プリインストールのE-mailで、アカウント設定を変更することで、削除を反映させることができます。
設定されたPOPアカウントの「アカウント設定」を開き、受信設定→サーバーからメールを削除にて、「受信トレイから削除したとき」を選択されるとOKです。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（受信トレイとゴミ箱からメールを削除しない限り、上記設定にしていても、サーバー上のメールは削除されません。受信トレイとゴミ箱の両方で、1件ずつ削除を行う必要があります。）

※コミュニティ投稿より（「サーバー上のメール削除できるアプリありませんか？」2010/5/7）