電話帳データとGmail（サーバー上）の連絡先データを同期させてしまったのではありませんか？
（電話帳＞メニューキー＞設定＞データを同期＞Gmailにチェックが入っていると同期しています）
Gmail（web上の）の連絡先にデータが無い状態でXperiaの電話帳と同期すると、Gmail側が優先されてしまうことがあるようです。
Gmailの登録データがなにもない場合、白紙のデータを上書き同期してしまう場合があります。

※コミュニティ投稿より（「メモリー内容が消える」2010/5/7）