受信トレイを表示した状態でメニューキー→アカウント設定→サーバー設定→受信設定の中の「サーバーからの削除」を「受信トレイから削除した時に」に変更で解決します。

※コミュニティ投稿より（「moperaメールの削除について」2010/6/9）